По всей Эквестрии стали твориться странные вещи: с неба полились шоколадные дожди, звери стали превращаться невероятных химер, а кукуруза на полях — в попкорн. И всё это не удаётся исправить с помощью магии.

Оказалось, что виноват в этом случайно разбуженный маленькими пони дух хаоса и раздора — Дискорд. С ним должны помочь справиться Элементы Гармонии, но во дворце принцессы Селестии их не оказалось. Решив, что Элементы Гармонии похитил Дискорд, пони отправляются в лабиринт. Где Дискорд выдаёт им правила: никакой магии, никаких крыльев, и если кто-либо из пони выйдет из лабиринта в одиночку — проигрывают все пони. И путь в недра лабиринта друзьям придётся начинать по отдельности.

Шестёрке предстоит дойти до конца лабиринта и вернуть Элементы Гармонии.